男孩托马斯在电梯中醒来，奇怪的是他除了名字之外什么都记不得。当电梯打开，他来到了一个陌生的地方“林间空地”。这里四周被高大的石头墙包围着，墙内住着许多男孩，有纽特、查克、米诺等人，他们都被困在迷宫里，而墙外还有一群巨大的怪兽威胁着。一天，电梯为他们送来了一个女孩特雷莎，她是来这里的第一个女孩。此后，迷宫逐渐开始发生变化，一切都陷入了混乱中，托马斯和特雷莎决定一起走上破解迷宫之路，找出迷宫背后令人不寒而栗的秘密。

实验室，WICKED宣称他们已经获得足够的数据，要帮所有实验者拿掉脑子里面的东西，也告诉斗士们大家都是有抗体的，只有纽特没有，所以他会死，但托马斯、米诺、纽特等人不打算恢复记忆，于是就被WICKED关起来而WICKED开始解剖那些愿意恢复记忆的人，治疗需要脑子，托马斯等人发现不对劲，于是逃了出去，和在焦土带认识的朋友一起逃亡。

托马斯（迪伦·欧布莱恩DylanO’Brien饰）、米诺（李基弘KiHongLee饰）一行人被带到一座神秘的庇护所，这个机构由表里不一的詹森（艾丹·吉伦AidanGillen饰）所管理，詹森为他们提供