本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。

该剧讲述明宪宗年间，宦官专权，残害忠良。侠客赵怀安在营救忠良行动中，引来东厂主万喻楼和西厂督主雨化田的追杀。赵怀安等人一路亡命，投宿龙门客栈。江湖险恶充斥血雨腥风，荒凉大漠儿女情长中。