三千万年前人类已经存在，并拥有高度科技，称为超古代。而迪迦奥特曼是在超古代造访地球的光之巨人。在经过了人类的光暗战争之后，超古代人类自己选择了灭亡的道路，迪迦奥特曼等光之巨人尊重人类的选择身体变成了石像形态封于金字塔内，而灵魂则化成光离开地球。21世纪初期，地球不再有侵略和战争，人类迎来了新的时代。然而预言中的“大地的怪兽”哥尔赞及“天空的怪兽”美尔巴出现了，可以消灭这两只怪兽的只有迪迦奥特曼。

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明饰）、达拉姆（松田優饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古