故事发生在地处偏远的小岛“浦岛”上，虽然那里风景如诗如画民风淳朴又自由，但世世代代都生活在那里的原住民们，他们被曾经发生过的事情和古老的繁文缛节所限制。随着时间的推移，无法看到未来希望的居民们开始自暴自弃。一天，一位名为三千里切那（铃木达央配音）的男子被海浪冲到了沙滩上，失去了重要的记忆的他，只知道自己背负着拯救世界的使命。在岛上，切那邂逅了只在夜晚出门的顽固家里蹲御原凛音（田村由香里配音）、个性大大咧咧有些男孩子气的枢都夏莲（阿澄佳奈配音）和拥有着悲惨身世灵感力极强的伽蓝堂纱罗（山村响配音）。

由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“LittleBusters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中

　　承受着残酷命运的少女露恩•芭洛特（林原惠美 配音）与强敌鲍伊德（矶部勉 配音）进行着实力悬殊的惨烈战斗，危急时刻，号称万能兵器的犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）出现，拯救了濒临死亡的芭洛特

　　被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音）

　　这个城市里，究竟住著什么样的宝可梦呢？　　在大都会正中央的一个屋上庭园。不经意地，朝旁边的大楼望去，就看到了可爱的皮丘兄弟。可是喜欢恶作剧的弟弟皮丘对著皮卡丘作了个鬼面，并且，就那样从楼上掉落下去