Season2では、吉宗の遺志を継ぎ若き医師たちが赤面疱瘡撲滅に向けて立ち上がったその後の物語から、幕府の人々が江戸城無血開城のために奔走した幕末・大政奉還までが初めて映像化される。

実話がベースの本作は、第2次世界大戦中に出会った日本海軍軍人とイタリア人たちの物語。1943年9月、潜水艦コマンダンテ?カッペリーニ号は物資輸送のために日本へ向かっていた。出発時は日本と同盟を組む枢軸