早乙女研究所设计了用于宇宙开发作业用的机器人——盖塔机器人；同时，在太古时期曾一度称霸地面的爬虫人类为了重新夺回地上的世界开始了对世界各地的侵略行动。然而盖塔机器人的动力源，正是过去将爬虫人类从地面赶进地底的元凶——盖塔射线。为了阻止地上人类对盖塔射线的开发利用，恐龙帝国的统治者帝王高鲁派遣机械恐龙对早乙女研究所发起了猛烈的进攻。在首战中早乙女研究所就失去了盖塔机器人的原型试作机及以博士之子早乙女达人为首的三位测试驾驶员；在研究所陷入空前危机的情况下，幸得三名来自浅间学园的高中生——足球部的流龙马、神

前作的恐龙帝国在巴武藏壮烈的特攻下终于土崩瓦解，但一个新的邪恶势力——百鬼帝国却出现在了地面上，它们是拥有超高科技的神秘有角人种，在布莱大帝的统帅下开始了其征服世界的野心计划；与此同时，刚刚从恐龙帝国毁灭性的打击中重建恢复的新早乙女研究所也研制出了新的盖塔机器人G；就在大家为其三号机波赛冬的驾驶员人选犯愁之际，浅间学园一个名叫车弁庆的棒球手进入了众人的视野……。