《神奇宝贝超世代》（Pokémon Advanced Generation）共分为芳缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。|　　这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经

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