柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“JollyRoger（海盗旗）”

昭和二十八年（1953），战后的日本山河凋敝，百业待兴。佐贺煤矿区的底层百姓生活困苦，安本家的顶梁柱父亲不幸去世，留下两对儿女喜一（长门裕之 饰）、良子（松尾嘉代 饰）、高一（冲村武 饰）、末子（前田

九州乡下发生一宗命案，疑犯柳田却坚称自己没有杀人。其妹桐子远赴东京，希望邀请名律师大冢为兄长洗脱罪名，奈何大冢对这单案件不感兴趣，柳田最后更被处死。桐子认为当日若非大冢拒绝帮忙，哥哥就不用枉死，于是她

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鲁邦一行突入美国神秘51号地区，目标是外星残骸“梦的碎片”。不过盯上这奇异球体的并不止鲁邦一行……本作为鲁邦三世系列2005年TVsp。