明朝有一个神秘的组织——玄衣卫，专门破获各种离奇事件，组员包括苗疆传人、萨满后裔等超自然界高手。故事讲述了玄衣卫被奸人陷害的几年后，邪恶组织过阴堂日益猖狂，皇城神枢营侍卫数月内多次无故失踪。皇帝大怒，特命玉麒麟彻查办此事。家国安危之下，前玄衣卫指挥使高建斌只身打探，在北镇抚司大战黑衣杀手，更是引出了背后更大的阴谋……

先皇早逝，外戚乱政，皇上弟弟又被太后毒死，皇上悲伤欲绝，天天饮酒做乐。琴师李湘书被引荐入宫，李湘书发现皇帝并不如传言那般无能而是心机莫测。两人亦师亦友，李湘书想帮助皇帝惩治朝中奸党匡扶政权。皇上表面不理朝政，却是让奸臣放松警惕，而李湘书又被背上了琴声迷惑皇上的骂名，皇上暗中拉拢众臣。李湘书被皇后陷害下毒谋害宣妃押入大牢，最终拥护皇上的大臣都要求皇上赐死李湘书，皇上心知李湘书是被冤枉，痛心决定赐死李湘书，为了天下苍生不惜牺牲自己，最终奸党被除匡扶了朝政。